（1）肉眼鑒別。生物有機肥在有益微生物作用下，發酵腐熟充分，外觀呈褐色或黑褐色，色澤比較單一；而其他有機肥因生產操作不同，產品顏色各異，如精制有機肥為糞便原色，農家肥露天堆制，顏色變化較大。

（2）水浸聞味。將不同的有機肥分別放在盛有水的杯子內，精制有機肥和農家肥因為經發酵或發酵不徹底，散發出較濃的臭味，而生物有機肥則不會發生這種現象。