1、有機肥料含有養分類型比較多，與養分單一的化肥對比是優勢，但它含有養分并不均衡，無法滿足作物增產高質量的必須。在追施有機肥料時要依據作物對養分的需求配施化肥，即便生產制造綠色有機食品的田地也需要配施礦物質化肥，并且在作物生長發育期內配施各種各樣葉肥。如同世界上沒有藥到病除的全能仙丹，不存在無所不能的有機肥料。

2、大部分有機肥料溶解比較慢，肥力較遲。為了獲取增產應追肥一定數量化肥，保證遲速融合。
3、很多有機肥料含有病原菌、幼蟲和野草種籽，有一些有機肥料里面含有不益于作物生長有機物，因此都應通過堆漚發醇，生產加工解決之后才能使用，生糞不可以下床。
4、有機肥料容積比較大，肥力比較慢，施肥量多，卻不是愈多愈好，一定要注意適當上肥。有機肥料里的氮和磷大部分是有機形態，釋放出來比較慢，但是其含有的鉀則是水溶的，施入土里馬上釋放出來。一畝保護區菜田施入10噸豬糞，以含鉀量0.85%測算，等同于1畝施入85kg氧化鉀（K2O），或170kg硫酸銨，使土壤層鉀含量量過大高，造成鈣、鎂相對性欠缺進而作物限產或質量降低。