充分腐熟：未腐熟的有機肥中含有大量的病菌、蟲卵和雜草種子等，施入土壤后會引發病蟲害，同時未腐熟的有機肥在土壤中發酵時會產生熱量，可能會燒傷植物的根系。因此，有機肥在施用前必須經過充分腐熟。

適量施用：雖然有機肥對土壤和植物有很多好處，但也不能過量施用，否則會導致土壤中養分失衡，特別是氮素過多，會造成植物徒長，影響植物的開花結果，還可能會污染地下水等。

合理搭配：有機肥與化肥配合施用，可以取長補短，發揮各自的優勢。有機肥養分全面但含量低、釋放慢，化肥養分含量高、釋放快，兩者配合使用能滿足植物不同生長階段對養分的需求。

注意施用方法：有機肥可以作基肥、追肥和種肥。作基肥時，應在播種或移栽前將有機肥均勻施入土壤中，然后進行深耕翻埋；作追肥時，可采用溝施、穴施等方法，將有機肥施于植物根系附近；作種肥時，要注意有機肥與種子不能直接接觸，以免影響種子發芽。