（1）有機肥所含養分不是的。有機肥料所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它所含養分并不平衡，不能滿足作物高產優質的需要。

（2）有機肥分解較慢，肥效較遲。有機肥雖然營養元素含量全，但含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥用量不是很大的情況下，很難滿足農作物對營養元素的需要。

（3）有機肥需經過發酵處理。許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥料中有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用，生糞不能下地。

（4）有機肥的使用禁忌。腐熟的有機肥不宜與堿性肥料和硝態氮肥混用。